Dua tahun telah berlalu sejak penggerebekan CCG di Anteiku. Meskipun suasana di Tokyo telah berubah secara drastis karena meningkatnya pengaruh CCG, hantu terus menimbulkan masalah ketika mereka mulai berhati-hati, terutama organisasi teroris Aogiri Tree, yang mengakui ancaman CCG yang semakin besar terhadap keberadaan mereka.
Pembentukan tim khusus, yang dikenal sebagai Pasukan Quinx, dapat memberikan dorongan kepada CCG yang mereka butuhkan untuk memusnahkan penduduk Tokyo yang tidak diinginkan. Sebagai manusia yang telah menjalani operasi untuk memanfaatkan kemampuan khusus hantu, mereka berpartisipasi dalam operasi untuk membasmi makhluk berbahaya. Pemimpin kelompok ini, Haise Sasaki, adalah setengah manusia, setengah manusia yang telah dilatih oleh penyelidik kelas khusus terkenal, Kishou Arima. Namun, ada yang lebih dari pemuda ini daripada yang terlihat, ketika ingatan yang tidak dikenal mencengkeram benaknya, perlahan-lahan mengingatkannya pada orang yang dulu.
