Setelah berakhirnya Operasi Pemusnahan Keluarga Tsukiyama, anggota Komisi Counter Ghouls (CCG) telah tumbuh secara eksponensial dalam kekuasaan dan terus mengejar tujuan mereka untuk membasmi setiap hantu di Jepang. Setelah mengundurkan diri dari Quinx Squad, Haise Sasaki yang sekarang tampak tanpa emosi mulai mengambil lebih banyak tugas dari CCG tanpa memperhatikan kesulitannya. Meskipun ekspresinya kosong, ingatan Ken Kaneki muncul kembali di Haise, meninggalkannya dalam keadaan konflik internal. Sementara itu, perilakunya yang berhati dingin mempengaruhi orang-orang di sekitarnya. Pasukan Quinx dibiarkan berantakan, harus mengatasi kematian salah satu anggota mereka tanpa dukungan dari mantan mentor mereka.
Di tengah kekacauan ini, baik Pasukan Quinx dan Haise harus terus memenuhi tugas mereka kepada CCG, apakah mau atau tidak. Namun, kehadiran kelompok misterius di belakang CCG telah diketahui Haise, dan bisikan korupsi tertentu tidak pernah terdengar oleh Pasukan Quinx juga.
