Di Shinryou Private Academy — sekolah mahal untuk siswa kaya — orang tidak akan pernah berharap menemukan Suigin Riku yang dilanda kemiskinan. Ketika dia tidak mengerjakan salah satu dari banyak pekerjaan paruh waktunya untuk membayar uang sekolahnya, dia sering ditemukan bermain game RPG Dungeon Century, di mana dia telah membina hubungan dengan teman online. Namun, ketika Dungeon Century dimatikan, dia menemukan bahwa orang yang dia sukai, Rei Riku yang baik hati, dan teman daringnya adalah orang yang sama.
Tetapi setelah wahyu ini, Rei diculik dan dibawa ke Grave Buster, yang merupakan game online baru dari pencipta Dungeon Century, memaksa Suigin untuk memasuki dunia baru yang keras dari game bayar-menang untuk menyelamatkan nya. Gin no Guardian 2nd Season melanjutkan pencarian Suigin untuk menyelamatkan Rei, sembari mencoba untuk memecahkan misteri permainan aneh ini.
