Pada tahun 2029, Kota Niihama telah menjadi metropolis yang maju secara teknologi. Berkat kemajuan besar dalam bidang sibernetika, warganya mampu mengganti anggota tubuh mereka dengan bagian-bagian robotik. Dunia kini lebih terhubung daripada sebelumnya, dan Seksi Keamanan Publik 9 kota bertanggung jawab untuk memerangi korupsi, terorisme, dan ancaman berbahaya lainnya menyusul pergeseran menuju globalisasi ini.
Mayor Motoko Kusanagi yang berkemauan keras dari Seksi 9 memimpin sebuah kasus yang melibatkan seorang peretas misterius yang hanya dikenal sebagai “Puppet Master,” yang meninggalkan jejak korban yang kehilangan ingatan mereka. Seperti banyak orang di dunia futuristik ini, tubuh Puppet Master hampir seluruhnya robotik, memberinya kekuatan luar biasa.
Saat Motoko dan bawahannya mengikuti jejak penjahat misterius itu, pihak lain—termasuk Seksi 6—mulai terlibat, memaksanya untuk menghadapi sifat kasus yang sangat rumit. Sembari merenungkan berbagai pertanyaan filosofis, seperti makna hidupnya sendiri, Motoko segera menyadari bahwa orang yang akan memberikan jawaban atas pertanyaan-pertanyaan tersebut tidak lain adalah Dalang itu sendiri.
