Sindrom Pubertas yang langka dan tidak dapat dijelaskan dianggap sebagai mitos. Ini adalah penyakit langka yang hanya menyerang remaja, dan gejalanya sangat supernatural sehingga hampir tidak ada yang mengenalinya sebagai kejadian yang sah. Namun, siswa SMA Sakuta Azusagawa tahu dari pengalaman pribadi bahwa itu sangat nyata, dan kebetulan cukup lazim di sekolahnya.
Mai Sakurajima adalah siswa sekolah menengah tahun ketiga yang mendapatkan ketenaran di masa mudanya sebagai aktris cilik, tetapi baru-baru ini menghentikan karirnya yang menjanjikan karena alasan yang tidak diketahui publik. Dengan suasana yang tidak dapat didekati, dia dikenal di seluruh sekolah, tetapi tidak ada yang berani berinteraksi dengannya — itu sampai Sakuta melihatnya berkeliaran di perpustakaan dengan kostum gadis kelinci. Meskipun sudah bangun, sepertinya tidak ada yang memperhatikannya, dan setelah berhadapan dengannya, dia menyadari bahwa dia adalah korban lain dari Sindrom Pubertas. Ketika Sakuta mencoba untuk membantu Mai melalui kesulitannya, tindakannya membawanya ke kontak dengan lebih banyak gadis yang menderita penyakit sulit dipahami.
