Tiga puluh tahun yang lalu, kemunculan tiba-tiba makhluk asing invasif yang tidak dikenal hampir menyebabkan akhir dunia.
Sejak saat itu, umat manusia dan makhluk-makhluk ini, yang dikenal sebagai Spesies Invasi, terus berkonflik memperebutkan wilayah hidup. Meskipun keselamatan manusia hampir tidak terjaga, dunia tetap berada di ambang kehancuran. Saat ancaman kematian dan kehancuran terus menghantui, orang-orang menjalani kehidupan sehari-hari mereka dengan mengabaikan bahaya yang terus-menerus mengintai di sekitar mereka. Sebagai tanggapan, Perserikatan Bangsa-Bangsa mendirikan EXCEEDS, sebuah organisasi yang bertugas menyelidiki dan memerangi ancaman yang disebabkan oleh Spesies Invasi.
Kisah ini dimulai di negara kepulauan Mizuho di Timur Jauh, tempat Shiina Kuze, seorang pemburu muda yang membasmi spesies invasif, tinggal di sebuah pulau terpencil. Menginginkan kehidupan yang tenang bersama satu-satunya keluarganya—adik perempuannya, Setsuna—rutinitas Shiina terganggu ketika sebuah insiden tak terduga terjadi, menyeretnya ke dalam konflik yang jauh lebih besar.
