Amate Yuzuruha, gadis SMA yang hidup damai di Space Colony yang melayang di luar angkasa, terlibat dalam kompetisi duel mobile suit ilegal "Clan Battle" setelah bertemu dengan Nyaan, gadis pengungsi perang.
Amate yang dikenal dengan nama register Machu, terjun ke pertempuran sengit dengan mengendarai GQuuuuuuX. Di waktu yang bersamaan, Shuuji yang mengendarai mobile suit Gundam, muncul di hadapannya saat dikejar Angkatan Luar Angkasa.
Era baru dunia mobile suit dimulai.
